使用水產試驗所的Logo做為基礎，延伸出種原庫的專屬標誌，也代表著種原庫為國內水產養殖界的翹楚，將沿續著產業科技先驅著的地位，繼續朝突破現有養殖技術目標前進。以仔稚魚破卵而出的行為，代表水產試驗所將突破以往著重在蓄養經濟性物種的範疇與水生生物研究技術，使海洋研究事務朝向更全面性的調查與研究。取其稚魚破卵之意象，表現出種原庫對於生物保種、育種的自我突破與生生不息。